Wielki pożar w mieście Fuyuki powoduje śmierć niewyobrażalnej ilości osób. Shirou, jako nieliczny z ocalałych zostaje uratowany i zaadoptowany przez człowieka zwanego Emiya Kiritsugu, który następnie wpaja mu podstawy magii. Pewnej nocy po śmierci swojego przybranego ojca Shirou w drodze powrotnej ze szkoły jest światkiem walki między nadnaturalnie silnymi wojownikami.
