Yuuki Makoto przenosi się do szkoły średniej Gokkoukan. Po dotarciu to Tokio, pospiesznie udaje się do akademika, w którym ma zamieszkać, z racji tego, że godzina jest już dość późna. Gdy wybija północ, chłopak zdaje sobie sprawę, iż dzieje się coś dziwnego. Nie widzi żadnej żywej duszy na ulicach - zamiast tego, wszędzie znajdują się ustawione pionowo trumny. Po dotarciu na miejsce wita go tajemnicza postać proponująca podpisanie kontraktu. Następnie jest światkiem walki z mroczną istotą zwaną cieniem, podczas której budzi w sobie Personę.