Miyazawa Yukino to najbardziej rozpoznawalna dziewczyna w szkole i przewodnicząca swej klasy. Nie ma żadnych słabych punktów, jej oceny zawsze wystarczają by znalazła się na szczycie listy najlepszych uczniów. Do tego łatwo nawiązuje nowe kontakty, co sprawia, iż od zawsze była obiektem admiracji. W rzeczywistości jednak ta cała otoczka to nic innego niż jej druga twarz.
Trzydzieści lat temu Azja została niemal zrównana z ziemią za sprawą tajemniczego trzęsienia przestrzeni - zjawiska charakteryzującego się silnymi wibracjami przestrzeni nieznanego pochodzenia. W rezultacie zginęło ponad 150 milionów ludzi. Od tego czasu podobne zjawiska zaczęły nawiedzać cały glob, jednak w nieporównywalnie mniejszej skali. Wiele większych miast zdążyło wdrożyć zautomatyzowane systemy bezpieczeństwa składające się między innymi z olbrzymich schronów z miejscem dla wszystkich mieszkańców. Jednym z takich miast jest Tenguu, gdzie mieszka i uczy się - Itsuka Shidou wraz ze swoją młodszą siostrą - Kotori.
Ebihara Chinami od urodzenia posiada tajemniczą moc generowania silnych fal elektromagnetycznych pod wpływem emocji. Dziewczyna nie potrafi ich kontrolować co powodowało w przeszłości wiele problemów w jej życiu i najbliższym otoczeniu. Po kolejnej przeprowadzce trafia do nowej szkoły, gdzie ponownie dochodzi do uszkodzenia sprzętu elektronicznego pod wpływem jej mocy, jednak tym razem zdarzenie zauważa Kannagi Koutarou, który rozpoznaje ową umiejętność jako TYPE-E i obiecuje Chinami pomocną dłoń przy nauce kontrolowania jej emocji.
Po udanej wycieczce szkolnej zaczyna się w końcu długo wyczekiwany okres wakacji letnich. Niemal wszyscy uczniowie wracają do swych rodzinnych domów by zobaczyć się z bliskimi. Po ich powrocie wydarza się nieszczęśliwy wypadek w męskim akademiku - zostaje on całkowicie zalany. Riki pozostaje bez dachu nad głową, jednak Noumi Kudryavka proponuje mu tymczasowe lokum w swoim pokoju.
Jest rok 1985. Uczniowie Szkoły Średniej Sakura - Kurabe Juurou, Fuyusaka Iori i Amiguchi Shuu doświadczają przedziwnego fenomenu wspólnego śnienia o wojnach z Kaijuu w przeszłości oraz przyszłości. Są oni również doglądani przez szkolną pielęgniarkę zwaną Morimura Chihiro, która dostarcza nieznany typ leku kilku uczniom ich placówki. Pewnego dnia Juurou przez przypadek odkrywa teczkę z jego aktami w szkolnym ambulatorium, gdzie przedstawiono go jako Izumi Juurou.
Urano Suzu to młoda, dobroduszna dziewczyna, której pasją jest rysowanie. Dorasta na obrzeżach Hirosimy prowadząc zwyczajne, beztroskie życie. Pewnego dnia dostaje propozycję małżeństwa od chłopaka Houjou Shuusaku z sąsiedniego miasta Kure, którego prawie nie zna, jednak decyduje się ją przyjąć, co skutkuje przeprowadzką do domu rodzinnego Shuusaku.
Morishima Hodaka w wieku szesnastu lat ucieka z rodzinnej miejscowości do Tokio. Na miejscu zaczyna poszukiwania pracy, jednak po pewnym czasie uświadamia sobie, iż w jego sytuacji nie ma szans na znalezienie niczego legalnego. Wykończony i głodny wchodzi do pobliskiego baru szybkiej obsługi, gdzie młoda, życzliwa sprzedawczyni funduje mu posiłek. Hodaka przypomina sobie o wizytówce otrzymanej od mężczyzny poznanego na statku podczas rejsu do Tokio i postanawia się z nim skontaktować.
Dwie siostry od najmłodszych lat doświadczają obecności istot ze świata duchowego. Starsza - Shizuru je dostrzega, natomiast młodsza - Mizuki potrafi się z nimi komunikować. Po serii problemów w szkole ich rodzice w akcie bezsilności postanawiają oddać je pod opiekę dziadków mieszkających na wsi ze względu na ich wiedzę na temat radzenia sobie z różnymi youkai.
Oumae Kumiko zaczyna drugi rok nauki w szkole średniej Kitauji. Ze względu na ukończenie edukacji na tym szczeblu, z klubu orkiestry dętej odeszło kilka jej starszych koleżanek pełniących wcześniej kluczowe role. Kolejny rok oznacza jednak nowe perspektywy oraz nowych aspirujących muzyków, którzy zasilą szeregi klubu. Członkowie po raz kolejny zostają zapytani o preferowany przez nich tryb zajęć w nadchodzącym roku.
Azusagawa Sakuta od czasu poznania Sakurajimy Mai nieustannie doświadcza nadprzyrodzonych zjawisk zwanych syndromem dorastania. Po przeżyciach z Mai, która w niewyjaśniony sposób przestała być zauważana przez innych ludzi oraz jego siostrą Kaede nadszedł czas na ostateczne rozwiązanie sprawy podwójnej egzystencji Makinohary Shouko.
Welkin Gunther przybywa do swego rodzinnego miasta Bruhl. Zostaje on zatrzymany przez lokalny oddział policji obywatelskiej, którym dowodzi Alicia Melchiott. Po wyjaśnieniu pochodzenia, Welkin szybko zaprzyjaźnia się z dziewczyną. Niestety jeszcze tego samego dnia wojska Imperium wkraczają na teren miasta Bruhl - miejscowości granicznej terytorium Galli jednocześnie rozpoczynając Drugą Wojnę Światową.
Kanzaki Yuuya to szesnastoletni uczeń szkoły średniej mieszkający z ojcem, który po latach samotności związał się z kobietą wychowującą swą córkę - Mitsuki. Nowe rodzeństwo doskonale zdaje sobie sprawę, jak dobrze ich rodzice się ze sobą dogadują, dlatego też nie sprawiają im większych problemów. Mimo wszystko - ze względu na nieśmiałość Mitsuki - ich relacje nie należą do najłatwiejszych.