Welkin Gunther przybywa do swego rodzinnego miasta Bruhl. Zostaje on zatrzymany przez lokalny oddział policji obywatelskiej, którym dowodzi Alicia Melchiott. Po wyjaśnieniu pochodzenia, Welkin szybko zaprzyjaźnia się z dziewczyną. Niestety jeszcze tego samego dnia wojska Imperium wkraczają na teren miasta Bruhl – miejscowości granicznej terytorium Galli jednocześnie rozpoczynając Drugą Wojnę Światową.
Pewnej nocy Byleth i Jeralt ratują trójkę młodych książąt – Edelgard, Dimitri oraz Claude z rąk bandytów. Są oni pod wielkim ważeniem ich wyczynu i postanawiają zaprosić wybawców do Monastyru Garreg Mach będącego jednocześnie domem Kościoła Seiros – dominującej religii regionu Fódlan. Byleth szybko dostaje propozycję etatu profesora na miejscowej uczelni – w tym celu zobowiązany jest wybrać jeden z trzech wiodących domów – Black Eagles, Blue Lions lub Golden Deer i poprowadzić uczniów do niego przynależących jako ich opiekun.
Claude Wallace i jego przyjaciele z dzieciństwa – Kai Shulen oraz Raz wstępują do Armii Federacji by walczyć z Imperium w Drugiej Wojnie Europejskiej. Decydują się na ten krok, ponieważ nie jest im obojętny los Gallii i ich rodzinnego miasta Hafen. Podczas treningu Kai niespodziewanie dezerteruje zostawiając swoją siostrę Leenę, by ta zajęła jego miejsce. Dzięki wzajemnej pomocy całej trójce udaje się ukończyć kurs żołnierski bez zwracania na siebie uwagi.