W niedalekiej przyszłości, wzrost poziomu mórz i oceanów sprawił, że większość lądów i miejsc zamieszkanych przez człowieka znalazło się pod wodą. Ikaruga Natsuki stracił rodzinę i nogę kilka lat wcześniej. Postanawia znaleźć swój stary dom w małej nadmorskiej miejscowości, który okazuje się pochłonięty w większości przez wodę. Jedyne, co mu pozostało, to mały statek i łódź podwodna, które odziedziczył po swojej babci – znanej oceanolog.