Iwakura Lain to z pozoru zwyczajna dziewczyna, która nie ma żadnego doświadczenia w posługiwaniu się komputerami. Wszystko jednak zmienia się po niespodziewanym samobójstwie jej znajomej ze szkoły. Seria niecodziennych wydarzeń powoduje, iż Lain zaczyna szukać wyjaśnień w świecie Wired (dużo bardziej zaawansowany odpowiednik sieci Internet), gdzie stopniowo odkrywa, że nic nie jest takie, jak się jej wydaje. Nawet ona we własnej osobie.
